1. Андріяшівка
2. Антонівка
3. Антонова
4. Антопіль
5. Бабчинці
6. Бандишівка
7. Березівка
8. Біла
9. Борівка (Грималівка)
10. Будки
11. Букатинка
12. Буша
13. Вербова
14. Вила Томашпільські
15. Вила Ярузькі
16. Вознівці
17. Володіївці
18. Гальжбіївка
19. Гнатків
20. Голинчинці
21. Голово-Русава
22. Горишківка
23. Гришівці
24. Грушка
25. Дахталія
26. Деребчин Новий
27. Деребчин Старий
28. Джурин
29. Дзигівка
30. Довжок
31. Дорошівка
32. Дранка
33. Жолоби
34. Зведенівка
35. Іванківці
36. Івонівка
37. Ілляшівка
38. Калитинка
39. Качанівка
40. Качківка
41. Кетроси (Довжок)
42. Кислицьке
43. Клембівка
44. Княже-Тиманівка
45. Кобилецьке
46. Колоденка
47. Комаргород
48. Копистирин
49. Коси
50. Косниця Велика
51. Косниця Мала
52. Красне
53. Красногірка
54. Крижопіль
55. Ксьондзівка
56. Липівка Комаргородська
57. Липівка Тиманівська
58. Лопатинці
59. Лука Молчанська
60. Марківка
61. Мервинці
62. Миронівка
63. Михайлівка Мурафська
64. Михайлівка Ярузька
65. Мовчани
66. Мурафа Нова
67. Мурафа Стара
68. Нетребівка
69. Одая
70. Олександрівка
71. Отченашівка
72. Паланка
73. Пасинки
74. Пелинівка
75. Пеньківка Мурафська
76. Пеньківка Томашпільська
77. Петрашівка
78. Пилипівка
79. Пирогів
80. Писарівка Волоська
81. Писарівка Руська
82. Підлісівка
83. Покутине
84. Політанки
85. Попелівка
86. Пороги
87. Рахни Лісові
88. Рахни Польові
89. Рекечинці
90. Рожнятівка
91. Русава Велика
92. Русава Мала
93. Савчине
94. Садки
95. Садківці
96. Саїнка
97. Сапежанка
98. Семенівка
99. Сліди
100. Слобідка
101. Стефанівка
102. Стіна
103. Стрільники
104. Строїнці
105. Суботівка
106. Тарасівка
107. Тахталія
108. Телелинці
109. Тиманівка
110. Томашпіль
111. Тростянець
112. Уяринці
113. Федорівка
114. Флемінда
115. Цапівка
116. Цекинівка
117. Черемошна
118. Чернівці
119. Щучинці
120. Юліямпіль
121. Юрківка
122. Юхимівка (Єхимівка)
123. Яланець
124. Ямпіль
125. Янкулів (Іванків)
126. Яруга